Un gran segmento de las personas mexicanas asocian al INE como parte del gobierno, del poder ejecutivo, incluso visualizan a las autoridades electorales estatales dependientes de la autoridad electoral nacional. El INE no depende del ejecutivo porque es un órgano constitucionalmente autónomo, pero ¿eso qué es?

Los órganos constitucionales autónomos son aquéllos creados inmediata y fundamentalmente en la Constitución, y que no se adscriben a los poderes tradicionales del Estado (Cárdenas, 1996). Actúan con independencia en sus decisiones y estructura orgánica, depositarios de funciones estatales que se busca desmonopolizar, especializar, agilizar, independizar, controlar y/o transparentar ante la sociedad, con la misma igualdad constitucional (Carrillo, 1998). Dichos órganos surgen en Europa, expandiéndose en Asia y América, con la justificación de establecer órganos encaminados a la defensa de derechos fundamentales, y para lograr la constitucionalidad en las funciones y actos de los depositarios del poder público. En consecuencia, se establecieron en las normas jurídicas constitucionales, dotándolos de independencia en su estructura orgánica y así alcanzar los fines para los que se crearon, es decir, para que ejerzan una función pública y fundamental, y que por razones de su especialización e importancia social requería la autonomía del órgano creado respecto de los clásicos poderes del Estado (ejecutivo, legislativo, judicial).

La primera generación de estos órganos en México fue en la década de los 90, con excepción de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) que ya contaba con autonomía constitucional desde 1980. En esa década se dotó de autonomía al Banco de México (Banxico) en 1993, al Instituto Federal Electoral (hoy Instituto Nacional Electoral, INE) en 1996 y la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) en 1999. Posteriormente se agregaron el Sistema Nacional de Información Estadística y Geográfica (INEGI), la Comisión Federal de Competencia Económica (Cofece), el Instituto Federal de Telecomunicaciones (IFT), el Instituto Nacional de Evaluación de la Educación (INEE), el Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social (Coneval), el Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales y la Fiscalía General de la República. La Suprema Corte de Justicia de la Nación, desde una visión funcional, establece las siguientes características: a) deben estar establecidos y configurados directamente en la Constitución, b) deben mantener con los otros órganos del Estado relaciones de coordinación, c) deben contar con autonomía e independencia funcional y financiera, y d) deben atender funciones coyunturales del Estado que requieran ser eficazmente atendidas en beneficio de la sociedad. En otras palabras, las funciones estatales ya no son atribuidas exclusivamente a los tres poderes tradicionales (soberanos). En la actualidad, algunas funciones que tradicionalmente correspondieron a la órbita del Poder Ejecutivo son realizadas por los órganos autónomos que no sólo se sitúan al mismo nivel de los órganos tradicionales del Estado, sino que además colaboran en neutralizar a los primeros, al tiempo que establecen una red de relaciones entre ellos. De esta manera, se multiplican los espacios para la toma de decisiones.

Por otro lado, cuando se habla de autonomía, los órganos constitucionales autónomos también lo son respecto de los partidos políticos, es decir, son generalmente órganos técnicos de control que no se guían por intereses partidistas o coyunturales, y para su funcionamiento ideal no sólo deben ser independientes de los poderes tradicionales, sino de los partidos o de otros grupos o factores reales de poder. Sus titulares son designados con la participación del Ejecutivo y de algunas de las cámaras del Legislativo, sin embargo, no están subordinados a éstos en cuanto a su funcionamiento y sus miembros no pueden ser removidos de forma arbitraria. Aunque están sujetos a algunos mecanismos de control establecidos, son responsables en los términos del título IV de la Constitución y sus decisiones pueden ser revisadas por distintas instancias jurisdiccionales.

Finalmente, en respuesta a la inquietud manifestada al inicio, el INE no es parte del Gobierno, visto como Poder Ejecutivo; es un órgano que ejerce un control institucional dentro de la estructura estatal para preservar los principios de certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, máxima publicidad, objetividad y profesionalismo que rigen la función electoral del Estado mexicano.